Kościół św. Ducha jest późnobarokowąświątynią wzniesioną w polowie XVIII wieku jako ewangelicki zbór. Jego powstanie ściśle wiąże się z toruńskimi zamieszkami religijnymi z 1724 roku, w wyniku których miejscowi luteranieutracili posiadany wcześniej Kościół Najświętszej Marii Panny. Dopiero w 1754 roku uzyskali zgodę królewską na zbudowanie prostego domu modlitwy, który z zewnątrz nie miał przypominać kościoła. Zgodnie z postawionymi warunkami świątynia nie posiadała wieży - obecną wzniesiono dopiero w ostatnich latach XIX wieku. Kościół aż do 1945 roku służył protestantom, następnie został przejęty prze księży Jezuitów i stał się kościołem akademickim, odwiedzanym przez pracowników i studentów toruńskiego uniwersytetu. W latach osiemdziesiątych XX w. świątynia byla miejscem spotkańantykomunistycznej opozycji. Wewnątrz zachowaly się elementy wyposażenia w stylu rokoko, wśród których na szczególną uwagę zasługuje ołtarz główny oraz drzwi do zakrystii wykonane w 1756 r. w technice intarsji, polegającej na tworzeniu barwnych motywów dekoracyjnych wyłącznie z  różnych gatunków drewna. Zbudowane w II połowie XVIII w. organy uległy zniszczeniu w maju 1989 r. w czasie pożaru, który strawił wnętrze świątyni. Obecnie ich miejsce zajmuje nowy instrument, nawiązujący wydstrojem do poprzedniego.